A Baía de Guanabara – com o comprimento máximo de 31 kms e largura máxima de 28 kms – foi habitada pelos índios temiminós e descoberta pela expedição exploradora portuguesa de 1501, cujo comando é atribuído por alguns autores a Gaspar de Lemos, em 1 de Janeiro de 1502. Os portugueses a confundiram com a foz de um grande rio, ao qual denominaram “Rio de Janeiro”, por ter sido descoberto no mês de janeiro. O nome é uma alusão ao fato de, na época, a baía não ter a entrada tão estreita como tem hoje, pois o conjunto dos morros Cara de Cão, Pão de Açúcar e Urca formavam uma ilha chamada Ilha da Trindade e não uma península, como ocorre hoje, fruto de um aterramento realizado no século XVI.
No interior da baía concentra-se 23 ilhas e ilhotas. A maior é Ilha do Governador e a mais conhecida a Ilha Fiscal por ter abrigado o famoso baile da Ilha Fiscal, a última grande festa do Império antes da Proclamação da República, em 15 de Novembro de 1889. A Ilha de Paquetá serviu de inspiração em 1843 para Joaquim Manuel de Macedo escrever o romance “A Moreninha”, que é considerado o iniciador do “romantismo” na literatura brasileira. O livro se tornou um grande sucesso. A Ilha de Mocanguê é constituída por duas ilhas conjugadas, conhecidas por Mocanguê Grande e Mocanguê Pequena.
A Ilha pequena foi doada à Marinha do Brasil pelo governo federal em dezembro de 1973. Nela foi estabelecida, em julho de 1977, a Estação Naval do Rio de Janeiro, extinta em maio de 1986 para dar lugar à base naval, integrada por uma série de organizações militares voltadas para a capacitação de pessoal para o exercício de cargos e funções na Marinha do Brasil. A Ilha de Villegagnon é uma homenagem ao primeiro colonizador, o almirante francês Nicolas Durand de Villegagnon, que a invadiu em 1555, nela erguendo o Forte Coligny, quando da tentativa de estabelecimento da França Antártica
As 23 Ilhas no interior da Baia de Guanabara são as seguintes:
Ilha d’Água
Ilha da Boa Viagem
Ilha do Bom Jesus da Coluna
Ilha do Boqueirão
Ilha do Brocoió
Ilha do Caju
Ilha da Conceição
Ilha das Cobras
Ilha das Enxadas
Ilha Fiscal
Ilha das Flores (ilhas do Engenho, Ananases, Mexinguira e Carvalho)
Ilha do Fundão
Ilha do Governador (a maior ilha da baia da Guanabara)
Ilha de Jurubaíba
Ilha da Laje
Ilha de Mocanguê
Ilha de Paquetá
Ilha do Pinheiro
Ilha de Pombeba
Ilha do Rijo
Ilha de Santa Bárbara
Ilha do Sol
Ilha de Villegagnon