A Baía de Guanabara – que ocupa uma área de 4.198 km2 – no Rio de Janeiro, tem 53 praias e é cercada pelos municípios do Rio de Janeiro, Duque de Caxias, Magé, Guapimirim, Itaboraí, São Gonçalo e Niterói. Sua bacia hidrográfica compreende ainda Belford Roxo, Mesquita, São João de Meriti, Nilópolis, Nova Iguaçu, Tanguá, Maricá, Rio Bonito, Cachoeiras de Macacu e Petrópolis (este último tem área muito pequena dentro da bacia drenante à Baía de Guanabara e é totalmente coberto por florestas). Nela deságuam vários rios, e é uma das maiores baías do litoral brasileiro.
Os rios que escoam para a Baía de Guanabara são classificados como de regime torrencial. Eles nascem na Mata Atlântica e descem os abruptos declives da Serra do Mar e montanhas costeiras, com cursos reduzidos, forte poder erosivo e grande energia. Essa energia é rapidamente perdida nas baixadas por causa de redução das velocidades de escoamento, que fazem com que o rio se espalhem aumentando seus leitos e formando grandes terrenos pantanosos nas planícies, caracterizados por inexpressiva capacidade de drenagem.
A Baía de Guanabara é considerada um estuário de inúmeros rios que descarregam na Baía, em média, 200 mil litros de água por segundo provenientes de uma bacia hidrográfica de aproximadamente 4.080 km2. Toda essa água é capturada pelas sub-bacias dos vários rios drenantes à Baía de Guanabara e que juntas constituem a região hidrográfica da Baía de Guanabara. Dentre os rios mais importantes destacam-se o Iguaçu, Caceribu, Macacu, Guapimirim, Estrela, Sarapuí e o São João de Meriti, porque estes são os que mais contribuem para o escoamento de águas para a Baía.
Grande parte dos rios tributários à Baia sofreram modificações em suas características naturais ao longo do tempo, principalmente no final do século XIX e inpicio do XX. Essas modificações estão principalmente relacionadas com obras de dreanagem urbana executadas pelos municípios, estado e agências federais. A Comissão de Saneamento da Baixada Fluminense e o Departamento Nacional de Obras e Saneamento (DNOS) foram os principais responsáveis pelas mais significantes mudanças durante os anos 30 e 40, tais como obras drenagem, retificação e canalização dos cursos de água. Nas áreas mais urbanizadas da bacia hidrográfica da Baía de Guanabara, muitos rios foram canalizados e cobertos por ruas, se tornando parte do sistema de drenagem e esgotamento dos municípios, apresentando águas de péssimas qualidades. Alguns exemplos são os rios Berquó, Banana Podre e grande parte do Rio Carioca, na sub-bacia do Botafogo; e o Rio Papa Couve, na bacia do Canal do Mangue.
Principais praias: Na Ilha do Governador (11 praias): Galeão, São Bento, Engenho Velho, Bica, Ribeira, Engenhoca, Pitangueiras, Bandeira, Barão de Capanema, Guanabara, e Pelônias.
Na Ilha de Paquetá (12 praias): Imbuca, Grossa, Tamoios, Catimbau, Pintor Castagneto, Moema e Iracema, Moreninha, do Lameirão, de São Roque, da Guarda, dos Frades e das Gaivotas.
Em Niterói (9 praias): Gragoatá, Boa Viagem, Flechas, Icaraí, São Francisco, Charitas, Jurujuba, Adão e Eva.
Em São Gonçalo (5 praias): Luz e São João, Beira, Boioia e das Pedrinhas.
Em Magé (4 praias): Ipiranga, Mauá, Anil e Piedade.