Com a organização do Supremo Tribunal Federal, no regime republicano, João Antonio de Araujo Freitas Henriques, chamado oficialmente de Freitas Henriques, foi nomeado pelo presidente da República, marechal Deodoro da Fonseca, ministro desse tribunal em decreto de 12 de novembro de 1890, tomando posse e sendo eleito seu primeiro presidente no novo regime na sessão da instalação do referido tribunal, em 28 de fevereiro do ano seguinte. Foi aposentado por decreto de 10 de fevereiro de 1894. Freitas Henriques nasceu na capital da província da Bahia em 26 de agosto de 1822. Formou-se em Ciências Jurídicas e Sociais pela Faculdade de Direito de Olinda, onde recebeu o grau de Bacharel, em 25 de outubro de 1845.
Desde então o STF já teve 48 presidentes, inclusive o atual ministro Luiz Fux que deixará o cargo no próximo dia 10 de setembro e será substituído pela terceira mulher a comandar o Supremo: a gaúcha Ellen Gracie. Estão vivos até o momento 18 presidentes. O que ocupou há mais tempo a presidência do Supremo é o ministro José Carlos Moreira Alves, residente em Brasilia, e atualmente com 89 anos. Nascido em Taubaté (SP), Moreira Alves comandou o mais importante tribunal do país de 1985 a 1997.
Moreira Alves é o único brasileiro que presidiu os três poderes, onde ocupou a Presidência da República quando o então presidente José Sarney ausentou-se do país e presidiu as sessões iniciais da Assembleia Nacional Constituinte de 1987. Aposentou-se em 20 de abril de 2003, ao atingir a idade limite do serviço público